Dans le cadre d’un contrat d’agglomération signé le 30 novembre avec l’agence de l’eau Rhône Méditerranée Corse et la Métropole de Lyon, Lyon Confluence s’engage à mettre en œuvre des projets de protection de la ressource en eau potable et d’amélioration de la gestion des eaux usées afin de réduire les impacts sur les milieux aquatiques.
 
La Confluence, projet urbain phare de la ville de Lyon, s’est imposée de fortes exigences de ville durable avec une attention particulière apportée aux solutions économes en énergie et à la préservation des milieux naturels. Les sols fortement pollués ont été débarrassés des résidus de produits toxiques, métaux lourds et hydrocarbures. Pour la première phase, 250 000 t de terre ont été extraites et dépolluées dans un centre de traitement. Une opération qui a permis de mettre fin aux risques d’infiltrations de substances polluantes dans les nappes souterraines, le Rhône et la Saône.
 
En parallèle, La Confluence développe un réseau d’assainissement de 40 ha en réseau séparatif des eaux pluviales et usées. Celui-ci permet de réduire le volume des eaux pluviales se dirigeant vers la station d’épuration de Pierre Bénite. 20 ha ont déjà réalisés et les 20 autres sont en cours de réalisation dans le cadre de la phase 2 d’aménagement. Sur ce dispositif, le CycloneSep a son importance. Cet ouvrage de traitement des eaux pluviales, positionné en aval du réseau, traite l’ensemble des eaux pluviales collectées côté Rhône avant que celles-ci soient rejetées dans le fleuve. Doté d’une cuve en béton armé et d’une grille cylindrique en acier inoxydable, il permet de retenir les macros déchets, les matières en suspension et les hydrocarbures légers qui circulent dans les réseaux d’eaux pluviales.
 
Afin de désimperméabiliser une partie des sols de La Confluence, de nombreux espaces verts, bandes plantées, arbres, cœurs d’ilot végétalisés en pleine terre, ainsi que des jardins aquatiques et la Darse, ont été créés, facilitant l’infiltration des eaux de pluie. Les matériaux perméables, tels que les sols en stabilisé, les pavés poreux ou les dalles à joints perméables, sont privilégiés autant que possible dans la réalisation des voies de circulation. De même, les espaces dédiés au stationnement comportent des structures engazonnées, complètement perméables, mais capables de supporter de lourdes charges. Parallèlement, des bassins de rétention permettent de retenir les pluies d’orage.