Le Conseil départemental du Val d’Oise ont approuvé (moyennant quelques réserves) le projet de refonte de l’offre du RER A et de la ligne L3 - qui relie Saint-Lazare à Cergy - engagé par le Syndicat des transports d’Ile-de-France (STIF) et les opérateurs SNCF et RATP.
 
En 2016, une concertation avec les collectivités a été lancée par le STIF, SNCF et la RATP. Un premier projet a été jugé défavorable avant d’être remis à l’étude, complété des remarques des élus du Val d’Oise. Le projet a été retoqué deux fois les 10 et 23 février avant d’être voté par le Conseil départemental du 95.
 
En substance, les opérateurs et le STIF s’engagent pour la première fois "en l’absence d’incident (...) à ce qu’aucun train ne soit supprimé ou en retard et les suppressions de trains en cas d’incidents mineurs divisées par 3. De plus à la fin d’un incident majeur, le retour à la normale sera 2 fois plus rapide".
 
D’autre part, le projet s’oriente vers un rééquilibrage du nombre de RER A sur la branche de Cergy par rapport à la branche de Poissy (alors que le trafic usagers sur la branche Cergy du RER A est cinq fois supérieur à la branche de Poissy) et sur la suppression de l’interconnexion SNCF/RATP à Nanterre Préfecture.
 
En 2017, le STIF et les opérateurs mettront donc en place des équipes cynophiles pour réduire le temps de traitement des colis suspects, inverseront les branches Est et Ouest du RER A au mois de décembre (la branche Boissy Saint-Léger sera associée à Poissy-Cergy pour rééquilibrer la longueur des tracés) et créeront une offre de service de trains sur la ligne L3 en heures creuses ainsi qu’une extension de 30 min en soirée.
 
Dès fin décembre, sera mis en service un 4ème quai à Cergy le Haut pour améliorer la régularité et la ponctualité de la L3. En 2018, un comité de suivi trimestriel sera mis en place pour la branche de Cergy afin d’évaluer les impacts et améliorer le service. Un second train sur la ligne L3 remplacera les trains défaillants et un service de trains sera doublé en heures d’été sur la L3. La fréquence sera également augmentée sur les 2 lignes en heure de pointe.
 
En 2019, une étude sera rendue sur le possible doublement du nombre de RER A sur Cergy à l’horizon d’Eole. D’autre part, un commandement unique RATP/SCNF sera mis en place sur toute la ligne du RER A à Vincennes et le changement de conducteur à Nanterre-Préfecture sera plus rapide.

Entre 2020 et 2022, les opérateurs prévoient la fin de la relève des conducteurs entre la RATP et la SNCF à Nanterre-Préfecture sur le RER A. D’ici à 2021, les trains seront renouvelés sur la ligne L3. Un travail de refonte de l’offre sur ces 2 lignes sera engagé à l’échéance de l’automatisation du tronçon central en 2022 sans attendre la mise en service de la ligne Eole prévue en 2024.